Il Río delle Amazzoni sfocia nell'Atlantico con un vasto estuario, la cui larghezza è stimata in circa 240 km e all'interno del quale i depositi di sedimenti hanno formato un labirinto di isole che separano il fiume in diversi rami; la maggiore di queste isole è l'isola di Marajó, che ha una superficie (comprese le paludi salmastre) di oltre 36.000 km2. La bocca del ramo principale, chiamato Río Pará, ha un'ampiezza di circa 80 km. Durante le fasi di luna piena, l'onda dell'alta marea risale il corso del fiume per circa 650 km a una velocità che supera i 65 km orari. Questo fenomeno spesso dà origine a onde di altezza superiore ai cinque metri. Il bacino del Río delle Amazzoni comprende la più vasta pianura fluviale del mondo, corrispondente grosso modo alla regione dell'Amazzonia, caratterizzata da un clima caldo-umido e da una fitta foresta pluviale. Le precipitazioni sono intense per gran parte dell'anno, ma in particolar modo tra gennaio e giugno; la media annuale oscilla tra i 2000 mm e i 3000 mm. Durante i mesi delle piogge, vaste aree attraversate dal Río delle Amazzoni sono soggette a inondazioni. In Brasile la larghezza del fiume è compresa tra 1,5 e 10 km in fase di magra, ma si espande fino a oltre 48 km durante le piene annuali; la velocità di flusso varia tra 2,4 e 8 km orari e il livello dell'acqua durante le piene spesso sale di oltre 15 m. La grande massa d'acqua del Río delle Amazzoni ha scavato un letto fluviale di notevole profondità: in un tratto presso Obidos, in Brasile, supera i 90 m. Per la sua vastità, per le piene annuali e la sua totale navigabilità, il Río delle Amazzoni è spesso chiamato "fiume oceano". Il grande fiume, che costituisce un'arteria di comunicazione di primaria importanza per l'Amazzonia, è navigabile da imbarcazioni di qualunque tonnellaggio per circa due terzi del suo corso. I transatlantici giungono regolarmente fino a Manaus, situata nel punto di confluenza con il Río Negro, a quasi 1600 km dalla foce, mentre navi di 3000 tonnellate possono raggiungere Iquitos, in Perù, a 3700 km dalla foce, il punto più lontano dal mare in cui si trovi un porto in grado di gestire traffico oceanico. Imbarcazioni fluviali di tonnellaggio più modesto possono navigare su oltre un centinaio degli affluenti più importanti.